La rémunération du médiateur se fait en général sur la base d’un tarif horaire ou journalier, qui est convenu au début de la médiation. Il est recommandé de conclure un accord écrit « consentement à la médiation » avec le médiateur (Accord type).

Habituellement, les coûts sont supportés à parts égales par toutes les parties en conflit (une autre répartition est possible si les parties le souhaitent et trouvent un accord). Certaines assurances de protection juridique couvrent les coûts de la médiation.

Dans les affaires non patrimoniales concernant le droit des enfants, les parties ont droit à la gratuité de la médiation à condition que le tribunal la leur recommande et qu’elles ne disposent pas des moyens nécessaires. Dans les cantons de Genève, Jura, Argovie, Bâle-Ville, Appenzell, Grisons et Fribourg, la prise en charge des coûts par les pouvoirs publics est aussi possible dans d’autres cas.En outre, lorsqu’il s’agit de questions touchant les droits de l’enfant, le canton est tenu de prendre les frais en charge.

 
La durée dépend de la complexité du cas et de l’engagement des parties en présence. Selon l’enquête de la FSM 2008, la durée moyenne d’une médiation est de 5 séances.