Les règles de la médiation sont à adopter en commun, lors de la première séance de médiation, par les parties et le médiateur.

Les points les plus important sont:

• Confidentialité: Les participants à la médiation et le médiateur consentent à garder le silence sur le contenu des discussions (exceptions possibles)
• Autonomie complète des parties: Le médiateur n’a aucun pouvoir de décision.
• Indépendance et impartialité du médiateur: Le médiateur doit être tout à fait indépendant  des personnes présentes et doit soutenir toutes les parties de la même façon (pas de préférence). Il s’engage à ne témoigner dans aucun procès et à ne représenter aucune des parties en tant qu’avocat.
• Libre consentement: Chaque partie, de même que le médiateur, peut interrompre la médiation en tout temps si elle le souhaite.

Les régles déontologiques faisant foi sont celles des fédérations des associations professionnelles (FSA, FSM et CSMC), de même que le Code de conduite européen pour les médiateurs.